民國93年艾利颱風來襲，集水區降下累計973mm之累積雨量，使上游集水區產生大規模土石坍塌，造成水庫淤積，而颱洪期間帶來大量漂流木亦造成石門水庫各進水口堵塞及設施損壞。
為有效解決颱風期間取水及維持庫容，乃將既有電廠2號機發電壓力鋼管改建為排砂隧道以增加排砂功能，降低水庫淤積速率，延長水庫壽命，惟改建後，因排砂隧道進水口流量由原68cms變成300cms，進水口流況改變，需將取水塔第五層以上攔污柵更新增加通水面積，避免造成通水不足、穴蝕等狀況，案經本局辦理「石門水庫各進水口水下清淤暨排砂隧道取水塔攔汙柵更換工作」，於104年7月1日開工，施工期間陸續完成各進水口前沉木清除約31公噸，清除淤泥2至4公尺，並於104年12月25日完成攔污柵更新作業。