一、民國87年「台灣省政府功能業務與組織調整暫行條例」完成立法,原臺灣省政府水利處依此法源於88年7月1日改隸經濟部,本局因而更名為「經濟部水利處北區水資源局」。
二、民國88年11月16日因業務職權調整劃分,成立經濟部水利處第十河川局,掌理淡水河巡防洪、治理等,該業務自本局劃出,本局組織於90年10月26日起調整為7課1中心4室,業務單位名稱為計畫、設計、工務、保育、養護、經管、資產課及石門水庫管理中心。
三、經濟部為推動水利事權一元化,將水資源局及水利處兩同質性高的水利行政機關予以整合,於91年3月28日成立經濟部水利署,本機關改名為「經濟部水利署北區水資源局」,本局組織同時調整,刪除設計課、新增品管課,餘不變 。
四、民國94年6月,本局寶山第二水庫管理中心成立,本局組織一級單位調整為7課2中心4室迄今。
五、民國112年9月26日 配合經濟部組織改造,本機關更名為經濟部水利署北區水資源分署。
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