新竹科學園區（竹科）屬高產值之高科技產業，用水需求穩定性要求高，受枯旱年水文環境之影響大，而傳統性水資源之開發由於經濟、社會、環境之變遷，面臨著開發可行性日益困難、開發期程長及成本越來越高之趨勢，使各標的用水在枯旱年每有缺水之威脅，由於高科技產業對缺水的容忍度低，缺水造成之損失極大，為使高科技產業水源供應多元化，擬於新竹沿海地區興建1座海水淡化廠，作為新竹科學園區高科技產業的「保險用水」，確保乾旱時仍有穩定與符合水質標準的供水，降低園區產業受缺水的影響。
因竹科同業公會於93年10月7日（93）台勤業字第740號致函游前院長，表示對海淡水水質仍有疑慮，爰行政院於93年12月9日院臺經字第0930052097號函示略以：「暫緩議」。
行政院於94年5月16日院臺經字第0940018772號函示：為因應未來供水需求，及興建時之技術調整需要，建請經濟部考量於南寮計畫廠址建立先期模組廠之可行性，俾進行技術操作調整，及供海淡水質改善試驗使用，為未來計畫執行作具體準備。爰有本「新竹海水淡化廠模組廠試驗計畫」。
本模組廠試驗計畫為建造「每日產水規模50噸之海水淡化模廠」以完成主要目的：
1.藉由模組廠之實際操作，確認最適處理程序，尤其是適合當地海域水質之最適前處理及除硼後處理，作為後續實廠設計與安裝施工之依據，有效降低投資風險。
2.就新竹海水淡化廠計畫而言，尚可就水質檢驗之具體事證，消除竹科廠商及其他潛在用水戶對海淡水水質的疑慮。
3.利用海水淡化模組廠計畫，進行相關之教育宣導活動。