寶山第二水庫於95年2月6日導水隧道封堵後開始進行蓄水作業,水庫初期蓄水分為三階段進行。第一階段蓄水至標高125公尺,蓄水時水位上升控制於每日不超過1公尺,達蓄水高程125公尺後維持該水位60日以上並進行相關評估工作,待確認安全無慮後才進入下一階段蓄水。第二階段蓄水至標高140公尺,此階段需控制水位上升率0.6公尺/每日以下,達預定水位140公尺後維持該水位60日以上並進行相關評估工作,待確認安全無慮後才進入下一階段蓄水。第三階段則蓄水至150公尺,相關作業如第二階段所述。
至100年12月寶山第二水庫已完成第三階段蓄水作業,整體而言於此期間水庫運轉測試、安全檢查均能順利完成,待第三階段蓄水安全檢查評估作業完成及配合已完工的寶山淨水場第三期擴建工程,寶山第二水庫興建計畫即可整體完成並正式納入新竹地區供水系統,期使本地區用水需求無慮。