(一)水庫淤積現況
根據石門水庫淤積測量資料顯示(每年實施測量1次)，截至107年10月止總淤積量為1億597萬立方公尺，佔水庫設計蓄水容量3.09億立方公尺之34.3%。如以93年艾利颱風後淤積量計算，93~96年總淤積量增加3,883.2萬立方公尺，約佔總淤積量之38.2%，顯見因921地震後，集水區大範圍土石鬆動與艾利颱風暴雨沖刷，再加上96年巴陵壩損壞(估計有近1,047萬立方公尺土石流入水庫)等因素，乃造成水庫近年淤積顯著成長之原因。有鑒於此，「石門水庫及其集水區整治計畫」特別預算編列多項既有設施防淤功能改善及水庫清淤等經費，水利署於每年編列預算，逐步實施減緩水庫淤積狀況，以利延續水庫使用壽命。
(二)石門水庫清淤作業及庫容維持策略
水庫淤泥本屬河川既有自然產物，水庫淤泥如何回歸下游河道及其終端去處，為推動水庫永續及活化主要方向，因此石門水庫淤積物清除規劃主要方向：
1.機械動力清淤
以機械設備進行抽送或挖運方式清淤；藉由河道泥砂運移之特性，將蓄水域上、下游淤積物分別處理。蓄水域上游(義興防砂壩及羅浮橋下)淤積物以機械陸挖及採售分離土石申購方式辦理。蓄水域下游淤泥則是以抽泥浚渫方式將庫底淤積物經由輸泥管輸送至大壩下游沉澱池置放。另為能使抽泥浚渫之淤泥有足够蓄容空間，配合將沉澱池淤泥進行清運作業，以運輸卡車清運土方至公共工程土方交換指定場所或合法土石收容場所。
2.水力排砂
93年艾利颱風過後，造成石門水庫大量淤砂，對於既有設施重新檢討並思考排砂效益，同時因石門水庫及其集水區整治計畫特別預算之挹注，而以新建、改建既有設施方式，規劃利用既有電廠壓力鋼管改建成排砂專用鋼管，並設置排砂閘門控制系統，於颱洪期間配合洪水夾帶異重流，進行水力排砂，順勢將泥砂排入河道放淤，俾減少庫區內淤積。
(三)石門水庫清淤作業執行情形
1.羅浮橋下及義興壩有價料清淤
依據河川水庫疏濬採售分離土石申購作業規定，以採售分離方式進行，其中挖裝標部分由北水分署以公開招標方式發包辦理，同時就挖運成本計算有價料販售價格，再以申購作業方式公開邀請符合資格者進場提料，每年清淤計畫目標量：羅浮橋下15萬立方公尺，義興壩攔砂壩40萬立方公尺。
2.無價料清淤作業
包括抽泥浚渫及沉澱池土方清運，抽泥浚渫係設置抽泥平台船抽取壩前庫底淤泥，目前以絞刀式機械抽泥頭擾動底泥，再以油壓泵抽送泥水，平均每小時約可抽出660立方公尺，而每日約可抽泥達1,600立方公尺淤泥，計畫年抽泥50萬立方公尺。沉澱池土方清運，主要功能在增加浚渫抽泥堆置空間，目前北水分署主要7口沉澱池可容納約210萬立方公尺之淤泥量，然因持續抽泥浚渫，對於池區內之淤泥仍需配合清運至其他公共工程土方交換方式或合法收容場所，方可使水庫清淤持續進行。
3.水力排砂
颱風期間因大洪水所夾帶淤砂，以異重流方式進入庫區，若無適當排淤設施，將造成水庫形成泥水潭而無法供水；北水分署於石門水庫及其集水區整治計畫，辦理分層取水工工程及電廠防淤改善工程，除能確保颱洪期間取得適當水源外，亦透過底孔排砂方式，將異重流入庫後儘可能排除，減少淤積於庫區內，達蓄清排渾之效；目前完成之排砂隧道計畫每年於汛期期間約可排淤100萬立方公尺，依無價料浚渫及清運成本估算，每年可減少約5億元清淤成本，除為國庫減少支出，其對水庫永續經營更是大有助益。