依據「水資源作業基金公益支出經費編列及執行管考」第15點規定訂定本分配額度增減經費原則。
本局每年將派員辦理前一年度公益支出補助案件執行成果複評考核，其考核分數將作為該年度酌予增減公益支出分配額度依據，考核項目依「公益支出運用考核指標及評分標準表」(詳附表)辦理。
受補助機關應先辦理自評作業，並於每年1月底前將「公益支出運用考核指標及評分標準表」函報本局，且於本局辦理複評時，將自評佐證文件陳列於現場供考核確認。
前項考核以「機關」為對象，就本局全年度補助該機關所有案件之公益支出總執行成果為考核標的。
「公益支出運用考核指標及評分標準表」複評考核分數之增減分配額度，在本局公益支出可運用額度內增減原則如下：

(1)考核分數高於90分者，當年度分配經費得於前一年度分配經費10%範圍內調高。

(2)考核分數89.9~80分者，當年度分配經費不予調高。

(3)考核分數79.9~70分者，當年度分配經費得於前一年度分配經費5%範圍內調減。

(4)考核分數低於69.9分者，當年度分配經費得於前一年度分配經費10%範圍內調減。
受補助機關於每年1月底前，因特殊因素報經本局同意後，得免辦理考核。